Leider wurden sowohl mit der Leichtathletikabteilung (nach Gründung des LCN) als auch mit der Tischtennisabteilung Ende der 50er Jahre zwei erfolgreiche Sparten des Vereins aufgelöst.
Bei der 1. Fußballmannschaft hingegen war trotz des Abstiegs 1958 kein Abwärtstrend zu erkennen, denn nachdem Walter Lesch als Spielertrainer die sportliche Verantwortung übertragen wurde, gelang schon 1960 die Meisterschaft in der Amateurliga Niedersachsen. Zuvor wurde in einem denkwürdigen Entscheidungsspiel vor 4.500 Zuschauern auf neutralem Platz in Meppen der TuS Lingen mit 5:1 „an die Wand“ gespielt. Als Sparta auch in der anschließenden Aufstiegsrunde ohne Niederlage blieb, feierte man so zwei Jahre nach dem Abstieg das Comeback in der Amateur-Oberliga. Zum dritten Mal hatte Sparta nach dem Krieg den Aufstieg in die höchste deutsche Amateurklasse geschafft.
Meister 1960 / Entscheidungsspiel 1960
Man trat wieder gegen namhafte Vereine wie Arminia Hannover, Kickers Emden, VfL Oldenburg oder SV Meppen an und als Neuling wurde gleich ein beachtlicher 7. Platz erkämpft. Ebenfalls 1960 wurde der Umzug zum Jahnplatz an der Veldhauser Straße vollzogen und in der ersten Saison besuchten durchschnittlich rund 1.500 Zuschauer die Heimspiele auf der neuen Anlage.
Absolute Straßenfeger waren in der Folgezeit wiederum die Lokalderbys gegen den Nachbarn Eintracht, welche eine besondere Brisanz besaßen. Flugblätter, Sonderausgaben der ortsansässigen Zeitungen und große Einladungsplakate erschienen vor den Treffen beider Rivalen und sorgten für eine zuweilen recht aufgeheizte Stimmung in der Stadt. Zunächst hatten diese Duelle noch den gewohnten, aus Sicht der Spartaner negativen Ausgang. Doch im September 1962 hatte die Leidenszeit ein Ende und zum ersten Mal hieß der Sieger vor 6.500 Zuschauern in der Bernhard-Niehues-Kampfbahn mit 2:1 Toren Sparta Nordhorn.
Flugblätter vor dem Lokalderby 1963
Sparta erspielte sich in der Zeit bis 1963 stets ordentliche Platzierungen im Tabellenmittelfeld. Auch der 12. Platz am Ende der Spielzeit 1963/64 hätte in den Jahren zuvor zum Klassenerhalt ausgereicht, doch wurde Sparta nach Gründung der Bundes- und der Regionalliga eine Spielklassenreform zum Verhängnis. Die Amateur-Oberliga war nur noch drittklassig und sollte mit einer weiteren Staffel fortan die eingleisige Landesliga Niedersachsen bilden. Hierfür wäre der 8. Platz erforderlich gewesen und somit musste die Mannschaft den Gang in die Verbandsliga Niedersachsen-West antreten.
Erster Derby-Sieg Spartas 1962 vor voll besetzten Rängen im Eintracht-Stadion